В фармацевтике SWIR-камеры широко распространены в гиперспектральных системах визуализации. Лекарственные соединения проверяются на основе их спектральных сигнатур в диапазоне SWIR. Наличие (или отсутствие) или спектральная однородность нескольких соединений обнаруживаются.

   Одним из интересных биомедицинских применений является SWIR-флуоресцентная визуализация для визуализации глубоких тканей in-vivo. Этот метод используется в исследованиях рака и предлагает разрешение в несколько миллиметров. После оптического возбуждения флуоресценция органических красителей, флуоресцентных белков или квантовых точек обнаруживается в окне с низкими потерями для биологической ткани (1000 - 1700 нм).

   SWIR-камеры в установке OCT (оптическая когерентная томография) используются в стоматологии. Например, их можно использовать для выявления кариеса на ранней стадии путем наблюдения за зубами и деснами (до нескольких мм).

   SWIR-камеры обычно используются в гиперспектральных системах визуализации для фармацевтических применений. Например, могут проверяться аналогичные таблетки общих лекарственных препаратов, таких как аспирин, ацетаминофен, витамин С и витамин D. На основе их спектральных сигнатур в полосе SWIR можно обнаружить наличие (или отсутствие) или спектральную однородность нескольких соединений. Этот метод находит применение в контроле качества или обнаружении поддельных лекарств.